Od roku 1995 se ÚAPPSČ systematicky věnuje tzv. letecké archeologické prospekci (zkoumání stop lidské činnosti v krajině z ptačího pohledu). Motivací k zahájení této činnosti bylo získání poznatků o rozložení archeologických situací v trase pokračování výstavby dálnice D11, postupně se však utvořil stálý tým, který v letecké prospekci pokračoval i v letech následujících.

Během několika let se podařilo pořídit množství fotografií, dokumentujících mnoho známých i nových archeologických lokalit. Výsledky průzkumu byly také opakovaně prezentovány na odborných konferencích a svou kvalitou a informační hodnotou zaujaly mnohé kolegy, kteří se následně pustili do spolupráce s leteckým průzkumem ÚAPPSČ. V současnosti je v leteckém archivu ÚAPPSČ uloženo téměř 5000 dokumentačních digitálních fotografií.

Ovoce přináší také povrchový průzkum. V oblastech Berounska, Hořovicka, Zdické kotliny, Hostomicka, Liteňska a blízkého okolí, mapovaných ÚAPPSČ, bylo takto objeveno více jak 20 nových dosud nepublikovaných lokalit. Ovšem povrchový průzkum se zaměřuje nejen na odkrývání nových archeologických lokalit, ale také na revizi starých. A to přináší zajímavé výsledky, protože například několik v odborné literatuře kolujících předpokládaných lokalit se touto prospekcí nepodařilo přesvědčivě ověřit a jejich reálná existence tak byla nalomena.